頭痛の原因は複雑で.頭蓋内と頭蓋外.頭蓋骨に限局したものと全身に及ぶものがあり.原因が見つからない頭痛も多い。 主な共通臨床要因は以下の通りである。
1.血管の拡張：頭蓋外動脈の拡張は.片頭痛や前頭動脈炎で最もよく見られるものである。
病原体やその毒素は.急性および慢性の頭蓋内外の炎症の場合に血管拡張性頭痛を引き起こす。代謝性疾患.毒性疾患.外傷性脳損傷.てんかん発作後.高血圧性脳症.脳血管拡張剤の大量投与はすべて血管拡張性頭痛の原因となりうる。 2.血管牽引.圧迫または伸縮変位：頭蓋内占有疾患；急性髄膜炎と脳炎.中毒性脳症.脳水腫.水頭症.静脈洞血栓症.脳腫瘍または嚢胞性疾患による圧迫と脳脊髄液循環阻害；また腰椎穿刺.腰椎麻酔後にもっと脳脊髄液流出.頭蓋内圧低下.頭痛による脳内静脈洞と静脈拡張に見られる。 3.髄膜の刺激による頭痛：急性または慢性の炎症性滲出物（腹膜炎など）.出血性疾患（くも膜下出血など）の血液が髄膜を刺激したり.脳浮腫により髄膜や血管が引き伸ばされることで起こる頭痛。 4.神経刺激：脳神経（三叉神経など）.頚神経などの炎症.圧迫.変位はいずれも対応する神経痛の原因となることがあります。 5.頭頸部筋肉の痙攣性収縮による頭痛：頭頸部筋肉の緊張.炎症.局所腫瘤.慢性膿瘍などの頸部疾患は.反射的に頸部筋肉の痙攣性収縮を持続させ.頭痛を引き起こすことがあります。
例えば.頸椎の病変による頭痛は.筋収縮性頭痛とも呼ばれる。 6.頭部近傍の臓器の病変または関与による頭痛：眼.耳.鼻.副鼻腔.歯などの病変によく見られ.頭部に広がったり反射したりして頭痛を生じます。 7.その他の頭痛の原因：一般的に心因性頭痛があり.主に一般的な神経症頭痛.ヒステリー.うつ病などの精神や感情による頭痛であり.「水鏡頭痛」.良性の咳頭痛.風邪刺激頭痛.「性的活動関連頭痛」などがある。腹痛