便秘中の乳児が摂取すべき特定のプロバイオティクスはなく、ほとんどのプロバイオティクスは医師の指導の下で摂取することができる。 便秘中の乳幼児に適したプロバイオティクスには、ビフィズス菌、サッカロミセス・ブーラルディ、乳酸菌などがあり、これらのプロバイオティクスは、乳幼児が腸内細菌叢のバランスの取れた状態になるのを助け、全体的な微生物生態環境を改善し、便秘を解消するのに役立つが、上記の薬剤はアレルギーのある乳幼児には禁止することが推奨されている。 便秘の乳児は、プロバイオティクスや薬の他の側面を取るだけでなく、より多くの水を飲むことに注意を払う必要があるだけでなく、母乳育児の乳児の両親は、光に食事に注意を払う必要があり、スパイシーで刺激的な食べ物を食べていない。