小児慢性咳嗽の原因は複雑であり.原因が不明な場合は盲目的な治療では効果が乏しい場合があるので.まずは明確な診断を行うことが重要です。正確な病因診断が合理的な治療の基礎となります。
小児の慢性咳嗽の一般的な原因としては.咳変形喘息.上気道咳嗽症候群.（呼吸）感染後咳嗽.胃食道逆流咳嗽.心咳嗽などが挙げられます。
アトピー性咳嗽の主な原因は.先天性呼吸器疾患.異物吸引.特定病原体による呼吸器感染症などです。
医師は.子どもの病歴.身体検査.関連する補助的な検査（定期的な血液検査.胸部X線検査.マイコプラズマ抗体.アレルゲン.ファイバースコープ気管支鏡検査など）の結果を組み合わせて原因を明らかにし.必要に応じて.一部の子どもには診断的治療を行うなどして.原因を特定します。