脳血栓症に対する手術の必要性は，血栓の大きさではなく，手術の適応によって決まる。
臨床でよく用いられる血栓手術には、動脈血栓除去術と除脈減圧術がある。 手術が可能かどうかは、血栓の大きさによって完全に決まるわけではない。
動脈血栓除去術は静脈血栓溶解療法が失敗した後に適応となることが最も多い。 静脈血栓溶解療法が失敗し、血管の再疎通が間に合わなくなると、患者の生命の安全や予後に影響を及ぼす。 このとき、緊急に動脈血栓溶解療法を行うことで脳血流を回復させ、患者の脳機能を温存し、脳障害の後遺症を軽減することができる。
また，大量脳梗塞患者が脱水による頭蓋内圧の低下が無効であった後も頭蓋内圧が上昇し続ける場合には，脳ヘルニアの形成を避けるために，適時に頭蓋フラップの減圧術を行い，脳内圧を解除することが救命の目的を達成するために必要である。
脳梗塞の手術が必要かどうかは、血栓の大きさによって決まるのではなく、手術の適応があるかどうかによって決まるので、脳梗塞に罹患している患者は、病状を遅らせることがないように、適時に医師に相談する必要がある。