アフラトキシンは.最も発がん性の高い化学物質の一つとして知られており.1993年に世界保健機関（WHO）のがん研究機関によってグループ1発がん性物質に分類された。アフラトキシンは.肝細胞癌以外の癌ではほとんど見られない腫瘍抑制遺伝子TP53のコドン249を変異させる可能性があり.肝臓癌の発生と強く関連している。
また.アフラトキシンはB型肝炎ウイルス感染と相乗効果を発揮するため.肝がんのリスクを高めると言われています。最近の研究では.食事にアフラトキシンが含まれていると.胆嚢がんのリスクも高くなる可能性があることが分かってきました。