栄養不良、ウイルス感染、内分泌障害、遺伝などが主な原因である。
1.栄養失調：臨床動物実験では、葉酸の不足はチミンの合成に影響を与え、胚の死亡につながる可能性があることが指摘されているため、母体の葉酸不足は絨毛腫瘍の発生にある程度関係していると推測できる。
2.ウイルス感染：硝子体癌や絨毛癌の組織から一種の濾過ウイルスが分離されており、電子顕微鏡で絨毛腫瘍の標本からウイルス粒子を発見した専門家もいることから、ウイルスが絨毛腫瘍の発症に関係していると考えられている。
3.内分泌疾患：関連する臨床データによると、15-20歳は20-35歳より子宮蓄膿症の発生確率が高く、40歳以上になると発生リスクが高くなり、50歳以上の子宮蓄膿症の発生リスクは20-35歳の200倍である。
また、この段階の患者の卵巣機能不全と安定、あるいは漸減という特徴は、絨毛腫瘍や内分泌疾患の発生と関連する可能性がある。
4.遺伝：絨毛腫瘍の絨毛細胞の多くは性染色体が陽性であることから、その発生には遺伝的要因が関係していると考えられている。
絨毛腫瘍に罹患した場合、時間内に病院を受診し、関連する検査を受け、病因を明らかにし、医師の指示に従って適切な治療を受ける必要がある。