腫瘍マーカーが正常でも、がんを否定することはできない。
腫瘍マーカーが上昇したからといって必ずしもがんがあるとは限らず、同様に腫瘍マーカーが正常でもがんがないと断定することはできない。 腫瘍マーカーは腫瘍スクリーニングの手段ではあるが、結局のところ参考値として使われるに過ぎず、検査の値にもよるが、少し高い程度であれば基本的にはほとんど意味がない。
基準値よりずっと高ければ、医師はそれに対応するマーカーに従ってさらに検査を行うので、あくまで参考値ということになる。 同様に、患者に臨床症状があっても腫瘍マーカーが正常であれば、腫瘍マーカーの結果は参考にはならず、画像検査や病理検査によって診断する必要がある。
例えば、臨床では大腸がんや肝臓がんなどが多く、これらの腫瘍マーカーが正常であることが多いため、腫瘍マーカーはあくまで参考値であり、診断根拠にはならない。
腫瘍マーカーが正常であっても癌を除外することはできず、病歴や臨床症状と合わせて総合的に分析する必要がある。