B型肝炎ウイルスに感染すると.肝細胞内でウイルスが複製・増殖し.血清中にB型肝炎ウイルス感染に伴う各種抗原抗体が検出されるようになり.医学的にはB型肝炎ウイルス検査（通称：ツーハーフペア）と呼ばれるようになりました。 HbsAg陽性.HBeAg陽性.抗HBc陽性で.一般にメジャートリプルと呼ばれ.HbsAg陽性.抗HBe陽性.抗HBc陽性で.一般にマイナートリプルと呼ばれるものである。
メジャー.マイナーというのは学術的な標準語ではありませんが.患者さんの間では広く流通しており.メジャートリプル陽性はB型肝炎ウイルスが複製段階にあり感染力が強いこと.マイナートリプル陽性は基本的にウイルスが複製を停止しており.DNA陰性の場合は基本的に感染力がなくなっていることを意味します。 近年.マイナートリプルの患者さんの中には.血清のB型肝炎ウイルスデオキシリボ核酸（HBV-DNA）が陽性で.これも感染力があることがわかり.B型肝炎ウイルスに変異があることが証明されています。 ウイルスのマーカーは平行線ではなく.肝機能の良し悪しで重症度が一致する。
幼児期にB型肝炎ウイルスに感染して数年から10年程度は.ウイルスと体が「平和に共存」し.血清が主要三徴を示し.肝臓へのダメージは通常軽度で.一部の感染者.特に女性は.ウイルスと体が「平和に共存」し.長い間あるいは生涯にわたり.ウイルスと体が「平和に共存」することがあります。
一部の感染者.特に女性は.「キャリア」と呼ばれる.長期間あるいは生涯にわたってウイルスと「平穏に」共存し.必ずしも肝臓疾患によるものではなく.主に感染源として50〜70歳を超えても.明らかな症状を出さずに生きていくことができるのです。 感染者が増えるのは13～23歳で.体の免疫機能が成熟して感染した肝細胞を認識し.それを除去することで反応し.大量のウイルスを除去すると同時に感染した肝細胞を破壊する。
何年か経つと.基本的にウイルスは除去され.血清中のE抗体が出現し.E抗原が消失する.つまり大三元から小三元に変化する。 しかし.残念ながら感染者の約2/3は.自身のクリアランス反応では肝臓の潜伏ウイルスが完全に除去されず.肝臓の複製.クリアランス.修復が週単位で進行していきます。
この時点で.ウイルスはほとんど除去されているにもかかわらず.肝障害はすでにかなり深刻な状態になっている。 25～30歳までにメジャーB型肝炎からマイナーB型肝炎への転換が完了すれば.生体にとってウイルスクリアランスのプロセスは完了し.肝臓のダメージは軽くなること.クリアランス反応（肝炎活動が続き.トランスアミナーゼの上昇を繰り返す）が続く間.40歳前後ではマイナーB型肝炎に転換しても.ほとんどの慢性B型肝炎患者さんは程度の差はあれ肝細動や肝硬変を起こすことが分かります。