催奇形性因子の作用後の胚における奇形の発生は.催奇形性因子の性質や胚の遺伝的特徴だけでなく.催奇形性因子の作用時の胚の発育段階にも依存する。 第一段階とは.受精後1～2週間（17日）（最終月経後3～5週間）を指し.胚細胞は全能性でまだ分化しておらず.催奇形性因子の作用が軽度であれば.胚はほとんど正常に生存するが.重度になると胚全体または細胞のほとんどが損傷を受け.死亡または流産する可能性がある。 第二段階は.受精後3～8週目（17～57日）（最終月経後5～10週目）を指し.胚細胞が分化し.催奇形性因子に対して非常に敏感で.催奇形性を起こしやすい胚感受性段階とも呼ばれる。 第三段階は受精後9週目（最終月経後11週目）の初めから分娩までの時期で.胎児の機能は有害因子によりほとんど損なわれており.催奇形性は低い。 しかし.中枢神経系と性器は分化・発達に時間がかかり.妊娠後期まで催奇形因子の影響を受けやすい。