HIVのウィンドウピリオドでは.患者さんの血球数の変化も起こりえます。これらの変化は.主に血液中のHIVの複製によって引き起こされる免疫系の急性障害に起因します。これらの変化は通常短時間で起こり.1〜3週間で元に戻ります。従って.血球数の変化でHIVに感染しているかどうかを判断することはできません。HIVに感染しているかどうかを判断するには.ウィンドウフェーズとも呼ばれる急性期にHIV-RNAとP24抗原を調べることで診断を確定することができます。HIV-RNAは.HIV感染後7〜10日で血液中に検出されるようになります。