下腹部膨満がクローン病によるものであることが明らかな場合.通常.薬物療法が行われます。
活動期にはアミノサリチル酸塩.グルココルチコイド.免疫抑制剤（アザチオプリンなど）により炎症反応をコントロールし.感染の場合には抗生物質による治療が必要です。よく使われる抗生物質は.ニトロイミダゾール系とキノロン系です。
寛解して症状が軽微な場合は.アザチオプリン.メルカプトプリン.インフリキシマブなどの薬剤による維持療法を長期に渡って行うこともあります。
腸閉塞の発症や大量出血など.重篤な合併症を持つ一部の人に限り.外科的治療が必要となります。