磁気共鳴検査は主に中枢神経系、循環器系、消化器系、筋骨格系、泌尿生殖器系などの全身疾患を検査し、特に軟部組織病変と脳血管病変を高感度で検査する。
1.中枢神経系疾患：脳梗塞、脳出血、頭蓋内腫瘍、頭蓋内感染症、脳血管奇形、頭蓋大脳外傷など。
2.循環器系の疾患：先天性心疾患、心臓および大血管の奇形、循環器腫瘍、冠状動脈性心疾患、心筋症など。
3.消化器系の疾患：嚢胞、腫瘍、結石、炎症など
4.筋骨格系の疾患：関節軟部組織損傷、骨腫瘍、変性疾患など
5.泌尿生殖器系の疾患：子宮腫瘍、卵巣嚢腫、尿管狭窄・閉塞、炎症、結石など。
磁気共鳴検査は、医師が患者の状態の重症度を判断し、経過観察治療のサポートをするのに役立つが、体内に金属を埋め込んでいる患者は核磁気検査が禁止されていることに注意する必要がある。