後天性免疫不全症候群は.すべてのシステムを巻き込み.日和見感染症や関連腫瘍として現れる.複雑で多様な臨床症状を有している。患者がAIDSの典型的な症状を呈したとき.CD4+細胞数は通常200/ul以下に低下し.未治療者はこの段階に入ってから12～18ヶ月の平均生存期間となる。
一般的な日和見感染症には.サイトメガロウイルス網膜炎.帯状疱疹（水痘帯状疱疹ウイルスによる）.口腔毛髪性白斑症（EBVによる）などのウイルス感染症.結核.マイコバクテリウム・アビウム感染症などの細菌感染症.肺炎球菌などの真菌感染症があります。ニューモシスチス肺炎（PCP）.クリプトコックス髄膜炎.食道炎や口腔内感染を引き起こすカンジダ・アルビカンスなどの真菌感染症.トキソプラズマ・ゴンディ脳症.クリプトスポリジウムによる下痢症などの寄生虫感染症などです。
HIVを代表する悪性腫瘍としては.非ホジキンリンパ腫.カポジ肉腫などがあり.通常EBV感染に伴うリンパ腫.ヒトヘルペスウイルス8感染に伴うカポジ肉腫など.ウイルス感染にも関連している。