クリプトジェン性腎炎の患者のうち、自然治癒する患者は少数であり、自己治癒の時期は数年間不確実である。 クリプトゲン性腎炎は、診療所では軽度の蛋白尿と（または血尿）しかみられず、患者には高血圧、水腫、腎機能障害がないため、原因がはっきりしないうちは特別な治療は必要なく、腎障害を悪化させる因子を避けるように注意し、その間、定期的な検査を行う必要がある。 クリプトジェニック腎炎患者のほとんどは予後良好であり、悪化するのは一部である。 少数のクリプトゲン性腎炎患者は自然に回復することがあるが、自然治癒の時期は定かでないことに注意すべきである。 蛋白尿、高血圧、腎低形成が悪化している患者の一部は、できるだけ早く腎生検を受け、明確な診断を行い、病態の種類を決定し、適時治療を行う必要がある。 クリプトゲン性腎炎の患者は時間内に病院に行き、専門の医師の指導の下で、定期的に診察を受け、定期的に治療を受けるべきである。