小さな消化管間葉系腫瘍（直径2cm未満）の多くは良性とされていますが.消化管間葉系腫瘍は現在.悪性腫瘍.すなわちがんに進展する可能性のある腫瘍と考えられているため.診断されたら可能な限り外科的に切除することが必要です。
非転移性の消化管間葉系腫瘍の場合.完全かつ徹底した外科的切除により治癒する患者さんもいますが.術後に再発・転移する患者さんもいますので.術後も定期的に経過を観察し.医師の指示に従って定期的に見直すことが必要です。
また.この病気に対する明確な予防法は今のところなく.定期的な検診により病気の早期発見が可能です。