慢性下痢症は、腸管感染症や炎症性腸疾患などの消化器疾患や、甲状腺機能亢進症、過敏性腸症候群などの全身疾患が関与している。 疾患の原因に応じて治療薬を選択する必要があり、慢性下痢症の治療薬としては、抗感染症薬、アミノサリチル酸塩製剤、副腎皮質ステロイド薬などが用いられる。 1.消化器系疾患 (1)腸管感染症：慢性腸炎、慢性桿菌性赤痢、腸結核などの腸管感染症による感染性慢性下痢症では、ノルフロキサシン、レボフロキサシン、オルニダゾールなどの抗感染症薬による病原細菌に対する治療が必要である。 (2) 炎症性腸疾患：潰瘍性大腸炎、クローン病など、腸の非感染性疾患に属する。 アミノサリチル酸製剤、グルココルチコステロイド、ロラゼパム、メチルプレドニゾロン、アザチオプリンなどの症状を緩和する生物学的製剤を投与する。 2.全身疾患 (1)甲状腺機能亢進症：血液循環中の甲状腺ホルモンが過剰になり、循環器系、消化器系などの興奮性亢進や代謝亢進をきたす一群の臨床症候群である。 食欲亢進や下痢などの消化器症状がみられることがあり、医師の処方に従ってプロピルチオウラシルなどの抗甲状腺薬による治療が必要である。 (2) 過敏性腸症候群（IBS）：腹痛と腸習慣の変化を特徴とする機能性腸疾患。 下痢の患者には、症状を緩和するためにロペラミドやモンテルカストが処方されることがある。 慢性の下痢の原因は他にもたくさんあるので、病気の原因を明確に特定し、治療が遅れないように的を絞った治療を行うことが推奨される。