尖圭コンジローマの診断は.発疹の特徴.発症・進展部位.接触歴の可能性などから.一般に難しくはない。 不顕性感染は単独または典型的な病変に伴って起こり.酢酸白色試験やトルイジンブルー試験で確認することができます。 潜伏感染については.in situハイブリダイゼーションやPCR（ポリメラーゼ連鎖反応）を用いて確認することができます。 (1）扁平紅色苔癬：扁平で湿潤な丘疹で.しばしば融合し.基部は非狭小で梅毒スピロヘータが検出でき.血清学的に梅毒陽性である。 (2）女性の仮性膣疣贅：女性の尖圭コンジローム様丘疹とも呼ばれ.主に若年成人に見られます。 発疹は.左右の小陰唇の内側にあり.非融合性の魚の目状または多毛状の丘疹が集まり.粒状または軟らかい感触で.淡紅色で湿っているのが特徴です。 (3) 陰茎真珠腫：主に若年成人にみられ.冠状溝に真珠のような半透明の丘疹で.白.黄.赤.円錐形.球状.不規則.冠状溝に沿って1列または数列に並び.あるいは輪を描いており.明らかな自覚症状はありません。 (4) Bowen 様丘疹症：発疹は多くの場合.複数の色素性丘疹からなり.単発.散発.群発.線状または環状に配列し.融合してプラークを形成し.ゆっくりと（数ヶ月から数年）進行し.in situ 扁平上皮癌.または acuminata コンジロームから発生します。 女性にやや多く.主に大陰唇.小陰唇.肛門周囲に分布する疾患です。 (5) 異所性皮脂腺：丘疹は粘膜内にあり.重ならず.ほとんどが黄色っぽい色をしています。 (6) 皮脂腺過形成：黄色い丘疹.非先端.非棘.非重複.非コンフルエント。 (7) 傍乳頭腺過形成：皮膚色または淡紅色の丘疹が前伸筋靭帯の両側に一対で配列し，一部は軽度の棘が見える． 丘疹の基部は狭くなく.大きさは粟粒かピンヘッド程度で.明らかな自他覚症状はない。