新生児用のプロバイオティクスは、一般的に授乳後約1時間後に服用することが推奨されている。
新生児の胃腸の機能は比較的弱く、消化不良現象が起こりやすく、腸内細菌叢を調整するためにプロバイオティクス薬を服用する必要があることが多いだけでなく、新生児の胃腸機能を回復するのに役立ちますが、プロバイオティクスのために消化管のいくつかの刺激を引き起こす可能性があり、それは一般的に授乳前に服用することはお勧めできません、授乳後1時間程度で服用することができます。
また、新生児は比較的小さく、プロバイオティクス医薬品の量は比較的小さいですが、厳密に薬の使用を導くために医師によってでなければならない、両親はあまりにも多くのプロバイオティクスの補充と不快な症状につながることを避けるために、新生児に薬を与えるために任意であってはならない。