自己免疫性脳炎の患者は通常、退院後2～3ヵ月間は薬物療法を受けるので、十分なケアが必要である。
通常、自己免疫性脳炎の場合、奇形腫やその他の腫瘍がはっきりしている場合は手術で摘出する。 術後は、術後の体の回復を促し、再発を防ぐために、約2～3ヵ月間、薬物療法を行う必要がある。 ただし、個人差があるため、患者の状態に合わせて医師の指導のもとで治療する必要がある。
一般的には、医師の処方に従ってメチルプレドニゾロンや酢酸プレドニゾンなどの副腎皮質ステロイドを使用する必要があり、患者によっては免疫グロブリンを併用する必要があり、上記の薬剤が有効でない場合は、リツキシマブ、シクロホスファミド、メルチマクロライドなどを使用します。 再発予防にはアザチオプリンも使用される。
てんかん患者の中には、精神症状がある場合は、バルプロ酸ナトリウム、レベチラセタムなどの抗てんかん薬を使用するだけでなく、医師の指示に従ってロラゼパム、オランザピン、ハロペリドールなどの抗精神病薬を使用する必要がある。
同時に、患者は十分な睡眠を確保するために良い習慣を身につける必要があり、感染症を予防するために個人の衛生にも注意を払う必要がある。 また、症状を悪化させないために、バランスのとれた栄養摂取を心がけ、辛いものや刺激の強いものを避けるなど、積極的に食事療法を行う必要がある。
自己免疫性脳炎の患者は、再発の危険性があるため、医師の指示に適時に従うことが推奨され、病気の再発を避けるために、患者は許可なく薬の服用を中止してはならない。