自己免疫性脳炎は再発することがあるが、症状は通常軽度であり、治癒した場合でも再発予防のための注意が必要である。
自己免疫性脳炎の約10～30％は再発する可能性があるが、再発しても症状は比較的軽い。 自己免疫性脳炎は、予後を左右する初回の治療を徹底し、ホルモン剤や免疫抑制剤の投与量や投与期間を医師が厳守する必要がある。
自己免疫性脳炎では、再発を抑えるためにメルチトールやアザチオプリンを使用するなどの予防策が必要であり、また、自己免疫性脳炎のエピソードの中には腫瘍随伴症候群と関連しているものもあるため、全身性腫瘍の定期的なスクリーニングも必要である。
薬剤は医師の監督下で投与されるべきであり、許可なく使用すべきではない。