亜急性甲状腺炎の薬理学的治療には、非ステロイド薬、グルココルチコステロイド、β遮断薬などがある。
1.非ステロイド薬：アスピリンなどの薬剤が症状を抑えるためによく使われる。 副作用として、アレルギー、胃腸反応などがあり、血小板減少症、アレルギーの既往などは禁止されている。
2.副腎皮質ステロイド薬：主に非ステロイド薬で、症状があまり改善せず、重症化した場合に使用する。 一般的にはプレドニンなどが使用される。 ホルモンは病気の経過を短縮するものではなく、症状を抑えるだけである。 副作用としては、多毛症、下肢のむくみなどがある。禁忌としては、薬剤成分に対するアレルギー、活動性の胃潰瘍などがある。
3.β遮断薬：動悸や振戦などの甲状腺機能亢進症の症状がある人に適している。 プロプラノロールなどがよく使われる。 禁忌は徐脈、心原性ショックなど。
この病気は自己限定的な病気であり、治療は症状を和らげるだけである。患者は医師の指導の下、自分の状態に応じて適切な治療計画を選択し、そのうちに医師に相談することを勧められる。