乳幼児の消化不良の症状は.現在では様々な要因が重なって起こると考えられています。
乳児の消化不良の大部分は機能性であり.食後不快感症候群（食後満腹感または早期満腹感として現れる）と心窩部痛症候群（心窩部痛または灼熱感として現れる）の二つのサブタイプに分けられる。
具体的な症状としては.1.食欲不振：未消化の食物が発酵して蓄積することで.子どもの食欲が低下し.食べないか.ほとんど食べないように見えるようになります。 2.食後満腹感：普通の量の食事をした後.食後に満腹感や不快感を感じ.低年齢の赤ちゃんは腹痛を表現できずに泣くこともあります。 3.早期満腹感：通常より少ない量の食事で満腹感を得ることができます。 4.夜中に落ち着かない：食べ物が溜まって内部熱が発生するため.赤ちゃんは夜中に落ち着きなく眠り.睡眠中に体を回転させ.泣いたり.熱くなったりします。 5.口臭：乳食が停滞するため.特に朝起きたばかりの赤ちゃんの息は酸っぱくて腐ったような匂いがします。舌が厚くて黄色くて脂っぽい.または舌の汁が少し赤い場合もあるので観察してください。 6.便通の異常：便通が不規則で.便の状態が異常です。
腸の消化器系の問題で.ほとんどの子供が下痢や便秘をします。 7.音の発生：消化器官の機能の障害により.消化管内に食べ物が残り.その残滓が微生物によって発酵してガスが発生し.腹部膨満感.ゲップ.腹部からの大きな音.おならが多いなどの症状が出ます。