赤ちゃんの消化不良の治療は.一般的な治療と薬物療法の2つに分けられます。 1.一般治療：ご両親が病状を理解し.赤ちゃんの生活習慣を改善し.食事の構成や習慣を整え.腸内環境を変えるように指導します。
赤ちゃんに与える食事は新鮮なものでなければならず.脂っこいものを避け.できれば糖分が多くタンパク質や脂肪が多いもの.また豆類は避け.少量ずつ食べて活動量を増やします。 2.薬：赤ちゃんの臨床症状と食事との関係に応じて.胃腸パワー薬.制酸剤と酸抑制剤.治療の一般的なコース2〜4週間を促進するために選択することができます。
治療が効果的でない場合は.治療コースを適切に延長し.さらに検査を行って診断を明確にしてから治療することができます。
ピロリ菌感染者には.ピロリ菌除菌療法が必要である。 (1)
胃腸刺激薬：食後満腹感や早期満腹感などの症状がある場合は.クエン酸モサプリド.メトクロプラミド.ドンペリドンなどの胃腸刺激薬を服用しますが.副作用が出ることがあるので.医師の管理下で使用し.大量に長期間投与しないことが必要です。 (2)
制酸剤と酸抑制剤：赤ちゃんに腹痛.酸逆流.胸やけなどの明らかな症状がある場合は.炭酸マグネシウムアルミニウム.複合水酸化アルミニウム.炭酸カルシウム内懸濁液などの制酸剤や.オメプラゾール.ラベプラゾール.エソプラゾールなどの酸抑制剤を服用するとよいでしょう。
このような薬剤は.消化不良の治療に広く使用されている。 (3）ピロリ菌の除菌：オメプラゾール.ラベプラゾールなどの酸抑制剤とクラリスロマイシン.ロキシスロマイシンなどの抗生物質を併用し.ピロリ菌の除菌を行う方法です。
ピロリ菌の除菌により.一部の患者さんでは長期的に症状が改善されることが臨床研究により確認されています。 3.腸内プロバイオティクスの応用：乳酸菌.ビフィズス菌.Saccharomyces
boulardiiなどの腸内プロバイオティクスは.消化酵素の活性を強化または低下させて内因性物質の消化・分解に関与するほか.腸内病原菌の増殖を抑制して身体の免疫機能を高め.あるいはさまざまな消化酵素を産生して消化機能を促進させることが可能です。