先天性心疾患の種類にもよるが、先天性心疾患の治癒は可能である。 卵円孔開存症、心房中隔欠損症、動脈管開存症などの単純な構造奇形のほとんどは治癒可能である。 しかし、拡張型心筋症のような複雑な先天性心疾患は治癒する確率が非常に低い。
1.治癒可能な先天性心疾患：治癒可能な先天性心疾患は通常、心房中隔欠損症、心室中隔欠損症、卵円孔開存症、動脈管開存症など、異常な構造を外科的に修正することで治癒可能な単純な構造的奇形である。 緩和治療は通常出生時に開始され、根治手術はある程度の発育が進んでから行われる。
2.不治の病：複雑な先天性心疾患の中には、異常構造が多すぎたり、病変が広範囲に及ぶために治癒が困難なものがある。例えば拡張型心筋症は心臓移植を行わない限り完治は不可能であるが、成功率はあまり高くない。
先天性心疾患の患者さんは、予後や治療法を決定するための評価や検査が遅れないように、時間内に病院へ行くことをお勧めする。