経食道心エコー検査は左心耳血栓の存在を検出するための最良の検査であり、その他にも治療に役立つさまざまな検査が行われる。
心房細動患者では、左房の収縮機能の低下と血液のうっ滞が左房血栓症の主な原因であるため、24時間外来心電図（ECG）で心房細動と心室拍出量を測定し、心房細動を除去することが左房血栓症の予防に有効である。
血流低下、内皮障害、血液凝固亢進の3つが血栓症の必要条件であるため、血中脂質、凝固機能、肝機能、腎機能なども検査し、血栓症の危険因子があるかどうかを判断し、血栓症のハイリスク患者であれば、経口抗凝固薬を服用して血栓症を予防する。
左耳介血栓がある場合は、心房細動があることが多く、心房細動が治らず、経口抗凝固薬の服用を希望しない場合は、左耳介閉塞術を考慮する。
左耳介血栓は容易に脳塞栓症につながるため、医師の診察と治療の指導のもと、適時受診し、定期的に検討する必要がある。