抗ヒスタミン薬を長期間服用した場合に考えられる副作用（危険性）は、眠気、体重増加、アレルギー反応の誘発である。
1.眠気：第1世代の抗ヒスタミン薬は、その成分が動きの速い眼球の睡眠を妨げ、患者の学習能力や認知行動能力に影響を及ぼす可能性があるため、長期間服用すべきではない。
2.体重増加：アステミゾールやアゼラスチンなどの第二世代の抗ヒスタミン薬の一部は、幽門のH1受容体を阻害するため、胃排出を促進し、胃排出は空腹感、食欲の長期的な刺激、過度のダイエットは体重増加につながるでしょう。
3.代謝反応：抗ヒスタミン薬は代謝性疾患の治療に使われるが、代謝反応を起こすこともあり、主に皮膚に薬物性皮膚炎を起こし、重症の場合はアレルギー性ショックを起こすこともある。 アレルギー性ショックに対しては、直ちにエピネフリンを使用するなどの救命措置をとる必要がある。 皮疹のある患者は薬剤を中止し、他の薬剤または方法に切り替えるべきである。
抗ヒスタミン薬は長期間服用すべきではなく、専門医の指導のもとで特定の治療コースを使用し、許可なく使用・中止してはならない。