食道真菌症では、抗真菌薬による治療、素因の積極的除去、毎日の安静と栄養補給が必要である。
1.抗真菌薬による治療：食道真菌症には医師の処方による抗真菌薬による治療が必要である。 薬剤感受性試験を行い、感受性の高い薬剤を選択することができる。
2.誘発因子を取り除く：食道真菌症につながる誘発因子はたくさんあり、一般的な誘発因子は主に体の免疫力の低下によるもので、例えば、糖尿病などの慢性疾患、免疫抑制剤の長期使用、放射線治療後の食道癌、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染、食道粘膜の長期損傷などの原因がある。
疾患の原因因子を特定した後は、疾患のさらなる進行を避けるためにそれらをコントロールする必要がある。 糖尿病によって誘発される真菌症に対しては、血糖コントロールなど糖尿病の進行を抑えることが必要であり、HIV感染がある場合には抗レトロウイルス療法を行う。
3.一般的な治療：日常生活では、休養、栄養バランス、悪習慣をやめることに注意する。
食道真菌症患者は医師の指示に従い、投薬や治療を行い、薬の自己濫用は避ける。