現在、中東呼吸器症候群の治療は、対症療法、呼吸補助療法、予防対策が基本であり、完治するための明確で効果的な方法はなく、治療はより困難であり、有効なワクチンもない。
1.対症療法：重症患者に対しては、細菌感染が明らかな場合、バンコマイシン、セフタジジムなどの抗菌薬を使用する。
2.呼吸補助療法：重症肺炎患者に対しては、早期の呼吸補助療法により換気と酸素供給を維持し、臓器の機能を保護する。
3.予防対策：患者は日常的にサージカルマスクを着用し、呼吸器分泌物に触れた後は流水で手を洗う必要がある。 感染地域では、感染経路を絶つ、手洗いを励行する、患者との接触を避ける、アラビア半島からの渡航後、咳や発熱の症状が見られたら速やかに医師に相談するなど、厳格な予防・管理対策がとられる。
中東呼吸器症候群（MERS）と診断された場合は、臓器不全を予防するため、速やかに医師の診察を受けることが推奨される。