一般的に、子宮内膜症は子宮鏡手術で治療することができます。
子宮内膜症がより重篤で、激しい腹痛、感染症、あるいはショック症状を伴う場合、薬物療法で症状が緩和されない場合、局所病変が悪化している場合、生殖機能が回復していない場合、より大きな卵巣子宮内膜症嚢胞（嚢胞の最大径が4cm以上）の場合には、子宮鏡手術が考慮されます。
症状が軽い場合、慢性骨盤痛、月経困難症、生殖機能が必要で卵巣嚢腫が形成されていない患者には、子宮鏡手術を行わずに薬物療法を考慮する。例えば、月経困難症にはイブプロフェンなどの鎮痛剤を使用し、病変を緩和するために経口避妊薬（ドロスピレノン・エチニルエストラジオール錠など）やホルモン剤（ダナゾールなど）を服用する。
子宮内膜症の患者さんは、適時に医師に相談し、関連する検査を改善し、病気の原因を明らかにすることをお勧めします。具体的な治療医は、患者さんの年齢、症状、徴候、病変の範囲だけでなく、患者さんの生殖能力などの要件に基づいて決定されます、標準的な治療のために医師の指示に従ってください。