粘液性脂肪肉腫に対する化学療法は有意な効果を示さない。 粘液性脂肪肉腫が化学療法に対して感受性が高いという証拠はない；いくつかの化学療法剤は限局性粘液性脂肪肉腫の再発率を低下させるが、全生存期間を改善させることはない；粘液性脂肪肉腫の治療法として望ましいのは外科的治療であるが、遠隔転移や局所浸潤がある場合には根絶するのは容易ではない。 その他の粘液性脂肪肉腫の治療法としては、放射線療法、分子標的治療、免疫療法などがあり、病態に応じて効果的な治療法を選択する。 粘液性脂肪肉腫の患者は、医師の対面診察のもと標準的な化学療法を行うべきであり、副作用を避けるためにやみくもに薬剤を使用すべきではない。