ウイルス感染症と細菌感染症には.それぞれ特有の違いがあり.治療法も異なります。
病原体が異なる：ウイルス感染症では病原体はウイルスであるのに対し.細菌感染症では病原体は細菌である。
血液の結果が異なる：ウイルス感染症では必ずしも白血球の上昇やリンパ球の割合の増加はみられませんが.細菌感染症では一般的に血中白血球の上昇や好中球の割合が増加します。臨床診断は.ウイルス特異的抗原.抗体.ウイルス核酸の検査で行いますが.細菌感染症はほとんどが血液培養で発見されます。
治療法は異なり.ウイルス感染症は主にヌクレオシド類似化合物.非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤.プロテアーゼ阻害剤などの抗ウイルス剤.細菌感染症は主にセファロスポリン系抗生物質.アミノグリコシド系などの抗菌剤で治療される。