小児咽頭ヘルペスは自己限定性であり、治療には主に一般治療、対症療法、抗感染薬治療が含まれる。
1.一般治療：安静と風通しに注意する。 交差感染を減らすために2週間隔離する。 食事は軽めにし、流動食を多く摂り、少食・多食に注意する。 食後は生理食塩水で口をすすぎ、口腔内を清潔に保つ。
2.対症療法：食事が困難な場合は電解質補給を行う。 38.5℃以上の高熱がある場合は、アセトアミノフェンやイブプロフェン懸濁液の点眼で解熱する。
3.薬物治療：小児咽頭ヘルペスはウイルス感染症であるため、アシクロビルなどの抗ウイルス薬を積極的に使用する。 細菌感染であれば、セファロスポリン系、ペニシリン系などの広域抗生物質、セフィキシム、アモキシシリンなどの抗感染症薬との併用が勧められる。
小児咽頭ヘルペスは速やかに受診し、医師の指導のもと標準的な治療を行う。