肛門いぼの光線力学的治療は、消毒、ドレッシング、光照射などのステップが必要で、通常1週間に1回、3～4回を1クールとして行います。
まず、イボとその周囲の皮膚を消毒し、新しく調製した光増感剤（5-アミノケト吉草酸など）をイボとその周囲1cmの皮膚に塗布し、3時間以上貼り続けます。 ドレッシングが終わったら、医師が適切な波長の光を調節して濡れたドレッシングの部分に照射し、1か所あたりの照射時間は通常20～30分で、基本的に治療は終了です。 患者のドレッシング工程は光を避ける環境で行い、ドレッシング後は直射日光を避ける必要がある。
先端巨大症の光線力学的治療の基本原理は、光増感剤が光エネルギーを吸収して一重項酸素などの物質を生成し、病変細胞を死滅させて治療効果を得ることです。