小児咽頭炎は、即効性の治療法はなく、主に一般療法と薬物療法で治療する。
1.一般療法：主に日常のケアを強化し、子供に十分な水分を与え、激しい運動をさせず、室内の換気に注意し、室内の空気循環を維持し、子供をより休ませ、適切な運動をさせ、個人の衛生に注意し、入浴と手洗いを励行し、外出時にはマスクを着用する。
2.薬物療法：高熱がある場合、イブプロフェン懸濁液などの解熱剤で体温を下げ、インターフェロンαで抗ウイルス療法を行い、細菌感染がある場合、アモキシシリン、セフジニルなどの治療薬を使用する。 細菌感染がある場合は、アモキシシリン、セフジニルなどの治療薬を塗布する。また、カイテンスプレーで治療を補うこともできる。
治療期間中、親は医師の指示に従い、小児に安全で合理的な薬剤の使用を心がけ、重篤な副作用による薬剤の不適切な使用を防がなければならない。