歯肉瘻は通常、自己治癒しないので、以下に述べるように、瘻孔の原因となっている根管の根管治療と瘻孔に対する薬物療法によって治療する。 歯肉瘻は通常、慢性的な智歯周囲炎が原因である。 治療はまず、歯髄を開いて根管治療を行い、瘻孔の原因となっている根管を智歯孔より先に準備する。 その後、瘻孔の内壁を小さなヘラで根尖部に達するまで引っ掻き、過酸化水素、メトロニダゾール、生理食塩水で瘻孔を繰り返し洗浄すると、瘻孔から白い泡状の液体が溢れ出すことがある。 ヨードホルム製剤とヨードホルムを含んだコットンツイストを根管内に入れ、根管を一時的に封鎖して瘻孔を閉鎖する。 通常の医療機関で専門的な治療を受けることを推奨する。