治療を受けていないHIV感染者の平均潜伏期間は約9年です。潜伏期間中.患者さんには明らかな症状はありませんが.ウイルスは潜伏期間中にすでに患者さんの体内で複製されています。ウイルスが複製を続け.免疫系が低下すると.患者のCD4+ T-リンパ球は減少し続けることになります。AIDSの段階に入ると.患者は極端に低下した免疫機能により.二次的に様々な日和見感染を起こすようになります。これは発熱.寝汗.下痢.1ヶ月以上の10％以上の体重減少として現れ.患者によっては記憶障害や精神的無気力などの精神神経症状も出現します。さらに.全身のリンパ節腫脹.ニューモシスチス肺炎.クリプトコックス髄膜炎.カンジダ・アルビカンス食道炎.巨大細胞網膜炎などが起こり.最終的には日和見感染で死に至ることもあります。エイズ期の平均生存期間は約12〜18カ月です。