B3型胸腺腫の緩和切除手術の化学療法と放射線療法の後、一部の患者はまだ手術が可能であり、治療の具体的な選択は医師の助言に従う必要がある。
B3胸腺腫は悪性度の高い胸腺腫に属し、緩和手術や化学療法、放射線療法を受けた患者は臨床病期が後期であることを示しており、中期や後期のB3胸腺腫は治療後に再発や転移を起こしやすい。 患者によっては、治療後に局所再発が生じた場合、腫瘍を摘出するための再手術が行われることがある。
B3胸腺腫が再発した患者には、一般的に化学療法と放射線療法を行い、病気のさらなる進行を抑えることが推奨される。