小児慢性咳嗽の原因は複雑であり，原因が不明な場合，やみくもに治療しても効果が乏しいことがある。したがって.まずは明確な診断が必要であり.正確な病因診断が合理的な治療の基礎となる。
小児の慢性咳嗽の原因としては.咳変形喘息.上気道咳嗽症候群.（呼吸器）感染後の咳嗽.胃食道逆流性咳嗽.心因性咳嗽などがよく知られています。
アトピー性咳嗽の主な原因は.先天性呼吸器疾患.異物誤嚥.特定病原体による呼吸器感染症などです。
医師は.子どもの病歴.身体検査.関連する補助的な検査（定期的な血液検査.胸部X線検査.マイコプラズマ抗体.アレルゲン.気管支ファイバー検査など）の結果を組み合わせて原因を明らかにし.必要に応じて.一部の子どもには診断的治療を行うなどして.原因を特定します。
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