黄色ブドウ球菌感染症の典型的な症状は、敗血症性感染症、食中毒、鱗屑様皮膚症候群、中毒性ショック症候群の3つである。
1.化膿性感染：内臓化膿、局所組織化膿、全身化膿を含む。 局所の化膿には、爪溝炎、眼瞼炎、創部の化膿があり、金黄色の膿を呈する。 内臓化膿症は、中脳炎、髄膜炎、心内膜炎、肺炎などである。 全身の膿は敗血症と同様である。
2.食中毒：黄色ブドウ球菌が食品に感染するため、1~6時間以内にめまいや吐き気、下痢、嘔吐などの急性胃腸炎症状が出る。
3.鱗屑様皮膚症候群：新生児が黄色ブドウ球菌に感染すると、皮膚にびまん性の赤い発疹ができ、皮膚の表皮が剥がれ落ち、二次的な細菌感染があると死に至ることもある。
4.中毒性ショック症候群：主に全身にびまん性の赤い発疹、血圧低下、高熱、下痢が現れ、重症の場合はショック状態になることもある。
黄色ブドウ球菌感染症はかなり症状が強く、心不全、尿毒症、弁破壊症などの合併症を引き起こすこともあり、早急な治療が必要である。