すべての縦隔嚢胞に穿刺生検が必要なわけではない。 穿刺に禁忌がある場合は禁忌であるが、嚢胞の診断が困難で禁忌がない場合は実施することがある。
穿刺生検は縦隔嚢胞の診断に有用な検査であり、ほとんどの縦隔嚢胞は穿刺生検で良性か悪性かを検出できる。 重篤な出血傾向のある患者、肺気腫、肺性心疾患、心不全など、診断が困難で関連する禁忌がない疾患に対しては、穿刺生検を行い、良性か悪性かを判断することができる。
穿刺生検を行うかどうかは、医師の指導のもと、患者の実際の状態に応じて最善の選択を行うべきであり、事故を避けるために無許可で扱うべきではない。