腫瘍マーカーの化学的および生物学的特性により.以下の7つのカテゴリーに大別されます。 1. 酵素TM：アルカリホスファターゼ（ALP）.乳酸脱水素酵素（LDH）.神経特異的エノラーゼ（NsE）.前立腺特異抗原（PSA）.グルタチオンSトランスフェラーゼ（GST）.ガンマグルタミルトランスペプチダーゼ（ガンマ-GT）。 2.ホルモンTM：カルシトニン（CT）.ヒト絨毛性ゴナドトロピン（HCG）.カテコラミン.ホルモン受容体.エストロゲンなど。 3.胎児性抗原TM：α-フェトプロテイン（AFP）.カルチノエンブリオニック抗原（CEA）など（胎児期にのみ存在し.成人期には徐々に減少するタンパク質です）。 4.糖タンパク質様抗原TM：CAを持つものはすべてこのカテゴリーに属する（CAl25.CAl5-3.CAl9-9.CA50.CA242）。 5.タンパク質クラスTM：ケラチン.組織ペプチド抗原.扁平上皮癌抗原.フェリチンなど。 6.遺伝子関連TM：ras遺伝子蛋白.myc遺伝子蛋白.erbB-2遺伝子蛋白.p53遺伝子蛋白.bcl遺伝子蛋白など。 7.その他のTM：シアル酸およびシアル酸アシルトランスフェラーゼ.ポリアミンなど。