化学変化を起こしたバレット食道の治療は、薬物療法による化学変化の回復や予防が困難な場合は外科的治療となる。
どのクラスの薬剤がバレット食道の円柱上皮の化学変化を回復させるか、あるいはバレット食道癌の予防について決定的な臨床的エビデンスはないため、オメプラゾールなどのプロトンポンプ阻害薬は胃食道逆流（GERD）症状の改善に限定される。 バレット食道異形成、特に腸上皮異形成の発見には、迅速な外科的介入が推奨される。
バレット食道に対する外科的治療法には、内視鏡的粘膜剥離術、内視鏡的粘膜切除術、その他の外科的治療法がある。 術後は切除組織の病理学的検査が必要であり、病変の大きさが3cm未満または腸上皮過形成を伴う場合は3年ごと、3cmを超える場合は2年ごとに繰り返すことが推奨されている。
バレット食道は適時に治療すべきである。オメプラゾールなどのプロトンポンプ阻害薬は、臨床医の指導のもとに使用すべきであり、無許可での使用は禁止されている。