甲状腺癌の肉眼病理検査で行われる免疫組織化学の役割は幅広く、甲状腺癌の早期診断、亜型の鑑別、リンパ節転移の有無、分化度の判定、進行患者に対する標的薬の選択などに重要である。 甲状腺癌の鑑別診断には以下のようなものがある： 1.良性濾胞性腫瘍と悪性濾胞性腫瘍の鑑別。 2.古典的な甲状腺乳頭癌と濾胞性亜型の鑑別。 3.固形甲状腺がんと低分化甲状腺がんの鑑別。 4.肉腫および扁平上皮がんからの間葉系がんの鑑別。 甲状腺がんの分類は、病理医が顕微鏡下で観察した腫瘍切片の形態によって決定されるが、異なるタイプの腫瘍でも顕微鏡下の形態がよく似ていることがあるため、診断の補助として免疫組織化学検査が必要となる。 免疫組織化学は、病理医が細胞内のタンパク質についてより詳しく知ることを可能にする。