肝胃整腸丸の効能は主に中部を温め、胃を調和させ、気を整え、痛みを和らげることであり、具体的な薬の使用方法は医師の処方によるものである。
肝胃整腸丸はベラドンナエキス、桂皮、甘草、木材蒸留物、丁子、サリチル酸フェニル、メントールなどを配合し、中気と胃を温め、気を整え、痛みを和らげる作用があり、中焦の邪気の停滞による食欲不振、悪心、嘔吐、胃痛、胃部膨満感、腹痛、腹部膨満感、下痢などの治療に用いる。
アレルギーのある人、緑内障、前立腺肥大症、妊娠中、授乳中の女性は禁忌である。 服用期間中、食事は軽めにし、辛いもの、冷たいもの、脂っこいものを避け、同時に強壮漢方薬を服用しないこと。
服用後、口渇、口、鼻、のど、皮膚の乾燥、便秘、発汗減少、目のかすみ、排尿困難（高齢者）などの副反応が起こることが多い。
上記の薬剤は、医師または薬剤師の指導のもとで使用することが推奨されており、副作用を避けるために自己判断で使用しないこと。