機能性ディスペプシアは心窩部痛症候群と食後不快感症候群に分けられる。
1.心窩部痛症候群：心窩部痛の主な症状で、心窩部灼熱不快感を伴うことがあるが、胸骨後方には広がらず、腹痛は食事によって誘発または緩和されるが、絶食でも起こることがある。
2.食後不快感症候群：主に食後の早期満腹感、心窩部膨満感、不快感として現れ、脂っこいものを食べた後に症状が悪化し、吐き気、嘔吐、過度の腹鳴などの症状を伴うことがある。 これらの症状はほとんどが間欠的で、心身異常を伴うことが多い。
心窩部痛症候群と食後不快感症候群が共存することもある。 機能性ディスペプシアの具体的な治療については、臨床医に相談すべきである。