奇形腫の治療は主に発生部位と病理のタイプによって決定される。 良性腫瘍（すなわち、成熟奇形腫）は主に患側の手術によって治療される。 悪性腫瘍（未熟な腫瘍など）の場合は、手術後にさらに化学療法を行う必要がある。 通常の病院での治療が推奨される。 奇形腫が卵巣に発生した場合、生殖を必要とする女性に対しては、腫瘍摘出手術または患側の付属器のみの摘出手術が行われる。 閉経後の女性は、子宮全摘術および両側付属器切除術を考慮することができる。 悪性腫瘍に対する術後化学療法は通常3～6コースである。 奇形腫が精巣に発生した場合、摘出手術は精子の数や生殖能力などに影響を及ぼすので、医師と相談の上、適切な治療計画を立てる必要がある。 奇形腫が発見された場合は、速やかに医療機関を受診し、医師の指導のもとで積極的な治療を行うことをお勧めします。