小児科では.病気の主な薬剤として使用される推奨の微小生態学的薬剤：1.下痢性疾患下痢性疾患は.プロバイオティクス薬物や病気の研究の最も臨床応用であり.プロバイオティクスは.通常の腸内細菌叢を介して補充することができ.細菌叢の不均衡を修正し.静菌性または殺菌物質の分泌と.効果的にウイルスや細菌をクリアするために.局所免疫反応への腸管免疫反応の強化.そのようなメカニズムとして.下痢性疾患の期間を大幅に短縮し.下痢の重症度を低減します。 これはほとんどすべての下痢性疾患に適用することができます。 感染性下痢症の子どもの大多数が腸内細菌叢に異常があることは.多くの臨床的・実験的研究で確認されている。 ロタウイルスなどのウイルス性腸炎には.ビフィドバクテリウム.ラクトバチルス.ストレプトコッカス・フェカリス.クロストリジウム・カゼイ.バチルス.サッカロマイセス・ブラルディなどのプロバイオティクス製剤の早期使用が積極的に推奨されている。 細菌や真菌による感染性腸炎には.感受性の高い抗生物質や抗真菌薬の投与に基づき.プロバイオティクス薬の併用が推奨される。 抗生物質関連下痢症や肺炎による二次性下痢症は.主に腸内細菌叢の乱れが原因であり.その予防と治療には.ビフィズス菌.乳酸菌.フェカリス菌.クロストリジウム・カゼイ菌.バチルス菌.サッカロミセス・ブラルディなどのプロバイオティクス製剤が積極的に推奨されている。 C. difficile感染による偽膜性腸炎の管理については.Saccharomyces boulardiiがより信頼できるエビデンスによって支持されている。 長引く慢性下痢性疾患の病因は複雑であるが.腸内細菌叢障害の様々な原因によることが多く.特定の原因の除外に加えて.ビフィズス菌.乳酸桿菌.連鎖球菌.クロストリジウム・チフス菌.バチルス菌.サッカロミセス・ブーラルディなどのプロバイオティクス医薬品の使用が推奨される。 2.機能性胃腸障害 機能性胃腸障害の病因は不明であり.腸管運動機能障害.内臓過敏の亢進.粘膜免疫炎症.中枢神経軸と腸管神経軸の調節異常.腸内細菌叢の乱れなどが関係していると考えられ.有効な治療法がないのが現状である。 プロバイオティクスは腸管を酸性化し.排便を改善し.腸管免疫炎症反応を調節する効果がある。 機能性ディスペプシア（小児神経性食欲不振症を含む）.機能性便秘.機能性腹痛には.ビフィドバクテリウム・ビフィダム.ラクトバチルス.ストレプトコッカス・フェカリス.枯草菌.クロストリジウム・カゼイなどのプロバイオティクス製剤が推奨されている。 また.機能性便秘には.プレバイオティクス製剤（ラクツロース）の有効性が推奨されている。 過敏性腸症候群（IBS）は最も一般的な機能性胃腸障害の一つであり.最近の疫学的研究から.IBS患者の一部は急性腸管感染症後に発症すること.IBSの発症は抗生物質の使用と関連すること.IBS患者は小腸細菌の過剰増殖.大腸内異常発酵.腸内細菌叢異常症に罹患していることなどが明らかになっている。 臨床研究では.特定のプロバイオティクスがIBSの症状を包括的に緩和する能力があることが確認されており.ビフィドバクテリウム.ラクトバチルス.ストレプトコッカス・フェカリス.クロストリジウム・カゼイ.サッカロマイセス・ブーラルディなどの薬剤の使用が推奨されている。