ほとんどの眼真菌症は完治しますが、眼真菌症が長引けば長引くほど治療が難しくなります。 目の真菌感染症が発見された場合、適時に抗真菌治療を行う必要があり、アムホテリシンBなどの抗真菌薬を局所的に使用することで、感染症のさらなる進展を食い止めることができます。 毎日目の衛生に注意し、目の悪い習慣を改善し、新鮮な野菜や果物を多く食べ、1日3食、バランスの取れた食事、適切な運動で、目の真菌感染症は徐々に解決することができます。 目の真菌症が発見された後、適時に治療せず、症状が重くなると、角膜の全層を貫通し、角膜潰瘍や角膜穿孔を引き起こし、その後、角膜修復、乱視治療、あるいはラメラ角膜移植を行わなければ治らない。 目の真菌症に罹患した場合は、通常の病院の眼科を受診し、医師の指導のもと、薬を使用し、治療計画に協力して治癒を目指すことをお勧めします。