ピロリ菌を殺す薬は通常、体にそれほど害はない。
ピロリ菌の治療では、プロトンポンプ阻害薬＋2種類の抗生物質＋ビスマス剤の4剤併用療法を選択することが多いのですが、一般的な副作用としては、めまいや頭痛、胃腸反応、腸内細菌叢の異常、肝機能や腎機能の異常などが挙げられます。
1.めまい、頭痛：メトロニダゾールとオメプラゾールはめまい、頭痛を起こすことがあります。
2.胃腸反応：エソメプラゾール、メトロニダゾール、クラリスロマイシン、アモキシシリンなどは、腹部不快感、吐き気、嘔吐、食欲不振などの胃腸反応を誘発することがある。 ビスマスは黒色便を引き起こすこともある。
3.腸内細菌叢の異常：抗生物質の使用は、腸内細菌叢の異常を引き起こす可能性がある。
4.肝機能、腎機能の異常：クラリスロマイシンやエソメプラゾールなどの薬剤は、トランスアミナーゼ、血清クレアチニン濃度などの上昇を引き起こす可能性がある。
やみくもに自己投薬するのではなく、医師の指導のもとで使用することをお勧めします。 上記の副反応はすべて薬を止めた後、徐々に回復することができますが、副反応が重篤であったり、薬を止めても回復しない場合は、通常の病院に行くことをお勧めします。