黄色ブドウ球菌は現在、ベンザチンナトリウムのようなペニシリナーゼ耐性の半合成ペニシリン系や、セファロスポリンやアミカシンのようなアミノグリコシド系が好まれている。 現在、黄色ブドウ球菌のペニシリンに対する耐性率は非常に高く、ベンゾキサシリンナトリウム、クロキサシリンなどのペニシリナーゼ耐性の半合成ペニシリン系やセファロスポリン系が選択されることが多く、アミカシンなどのアミノグリコシド系も併用されることがある。 アモキシシリンやアンピシリンも集団によっては有効である。 メチシリン系薬剤に耐性を持つ人もおり、このような人は通常、バンコマイシンなどの薬剤感受性試験を行い、感受性が高ければ、バンコマイシン、チコラニンなどの抗生物質を治療に使用することができる。 黄色ブドウ球菌に感染した場合、医師の指導の下、薬剤感受性試験を行って、感受性の高い薬剤を選択し、経験的な投薬治療を行う必要がある。